Postoje dvije metode sterilizacije za medicinske instrumente koji se koriste u kirurgiji, naime sterilizacija na visokoj temperaturi i sterilizacija na niskoj temperaturi.
1. Metoda visokotemperaturne sterilizacije je korištenje visoke topline za denaturaciju mikrobnih proteina kako bi se postigla svrha ubijanja bakterija. Klinički se najčešće koristi, a obično se koristi sterilizacija parom pod pritiskom, koja je prikladna za instrumente i predmete koji mogu podnijeti visoku vlažnost i toplinu. Postoji i brza sterilizacija parom, koja se može koristiti za gole instrumente i predmete.
Drugo, sterilizacija na niskim temperaturama, često korištenjem sterilizacije etilen oksidom. Najviše klinička primjena, prednost je što ne oštećuje sterilizirane predmete, ima jaku moć prodiranja i ima dobar učinak ubijanja mikroorganizama. Sterilizacija s formaldehidnom parom na niskoj temperaturi može se koristiti za medicinske uređaje koji ne mogu podnijeti visoke temperature.
