Različite metode sterilizacije odabiru se na temelju različitih performansi endoskopskih instrumenata i njihovih komponenti, kao i relevantnih informacija koje daje proizvođač instrumenata. ,
1. Sterilizacija parom pod visokim pritiskom: Svi endoskopski kirurški instrumenti koji se mogu sterilizirati u autoklavu trebaju se sterilizirati pod visokim pritiskom.
2. Etilen oksid: Etilen oksid ima snažnu moć sterilizacije, široko rasprostranjenu sterilizaciju, ne oštećuje predmete i ima jaku moć prodiranja. Nije prikladno koristiti paru pod visokim pritiskom za sterilizaciju endoskopskih leća, kamera, zraka izvora svjetlosti, elektrokoagulacijskih žica itd. Sve se može sterilizirati ovom metodom.
3. Natapanje 2% glutaraldehidom: koristi se za sterilizaciju endoskopskih instrumenata uranjanjem. Potrebno je namakati 10 sati. Tijekom namakanja, spojevi instrumenta moraju biti otvoreni, a lumen mora biti ispunjen tekućinom za namakanje. Preostalu ljekovitu otopinu potrebno je više puta isprati sterilnom vodom prije uporabe.
4. Sterilizacija medicinskim sterilizatorom.
